Efnafræði til vatnsmeðferðar eru hönnuð til að sótthreinsa, hreinsa og viðhalda vatnsgæðum í sundlaugum, Sveitarfélagakerfi, iðnaðarferli og fiskur. Þeir útrýma bakteríum, vírusum, þörunga og lífrænum mengunum og tryggja örugga, tær og hreinlætis vatn. Klórín byggð efnasambönd eins og kalsíumhýðklórít eru mikið notuð til hraðar og árangursríkar hreinlætis.